O Museu possui um excelente meio de divulgação científica, que é o Programa Museu Itinerante (PROMUSIT), que já recebeu mais de 3.265.082 visitantes, com a realização de mais de 247 deslocamentos tanto no estado do Rio Grande do Sul como em outros sete estados, assim como esteve presente em 103 municípios.
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Essa iniciativa está incluída em eventos culturais, exposições e feiras, numa ação extramuros que leva a cultura e a ciência aos mais diferentes públicos e lugares. É um programa dedicado a todas as idades, no qual o público se apropria do conhecimento interagindo com os acervos e experimentos das exposições, além de assistir a apresentações científicas, tal como acontece na exposição do Museu em Porto Alegre.
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Transportadas dentro de um caminhão especialmente projetado, as exposições do Museu Itinerante são dispostas em uma área de aproximadamente 600 m², onde os visitantes podem interagir com a ciência e a cultura de uma maneira lúdica e prazerosa.
No município, a visitação acontece no ginásio do IEEOA, na quarta e quinta-feira, em três horários: das 8h30min às 11h30min, das 13h às 17h e das 18h às 20h. Na sexta-feira, dia 5, último dia de visitação gratuita, o horário será diferenciado: das 8h30min às 11h30min e das 13h às 16h. Em Alegrete, a iniciativa é da prefeitura, por meio da Secretaria da Educação e Corsan, com apoio do Museu de Ciências Tecnológicas da PUC.